العالم الذي يعتبر مؤسس علم الأحياء الدقيقة هو أنطوني فان ليفينهوك. كان ليفينهوك أول من اكتشف ووصف الكائنات الحية الدقيقة باستخدام مجهر بسيط من صنعه، وقد نشر ملاحظاته في أواخر القرن السابع عشر. يعتبر عمله الأساس الذي بُني عليه علم الأحياء الدقيقة الحديث.