توفي غلام أحمد سنة 1908م بداء الهيضة الوبائية (الكوليرا) ودُفن في قاديان بالمقبرة التي سماها مقبرة الجنة، ويُروى في قصة وفاته أنه قد باهلَ عام 1907م عالم الحديث الهندي ثناء الله الأمرتسري في مناظرة بينهما، ودعوا الله أن يقبض الكاذب من الرجلَين في حياة صاحبه بعد أن يسلط عليه داءً يكون فيه حتفه،